La ciudad de La Línea está vinculada desde su origen, a estrategias mili- tares relacionadas con la vecina plaza de Gibraltar. Las primeras reseñas históricas datan de 1727 y hablan de la construcción por el Conde de Montemar de una línea de banqueta que cruzaba el istmo desde la playa de levante a la de poniente, con los castillos de Santa Bárbara y San Felipe en sus extremos, aislando así por tierra la plaza ocupada. Sobre la línea de la banqueta se apoyó la ordenación primitiva de la ciudad y adosada a ella se construyó entre 1863 y 1865 la Comandancia Militar como residencia de oficiales de la guarnición allí establecida.

Se trata de un edificio, diseñado por ingenieros militares, con planta rectangular, de 20 x 25 m y una estructura tripartita de dos plantas y un cuerpo central de tres. El uso que se le dio, con sucesivas reformas interiores poco afortunadas, y el abandono posterior, produjeron su ruina hasta el momento de la intervención realizada.

Los planteamientos para insuflar nueva vida al edificio atendieron en primer lugar a su situación, identificando como propio el patio trasero, de similares dimensiones a las que ocupa el edificio, para reordenarlo como patio-jardín, ampliarlo sobre un búnker derruido y abrirlo a la calle a través de una cancela. El edificio se ha adaptado como sede del Museo del Istmo, atendiendo a los requerimientos técnicos, funcionales y espaciales que ello suponía. Una decisión básica ha sido la introducción de la escalera principal en el interior del patio, y la integración de todos los elementos de relación vertical, como la escalera, secundaria, ascensor, instalaciones y elementos sanitarios, en un solo bloque, lo que permite liberar el resto de la planta de servidumbres verticales y divisiones superfluas, generando espacios de mayores dimensiones, relacionados entre sí de forma versátil y con vistas cruzadas.

La escalera principal, en posición central, pasa a formar parte del recorrido museográfico, elevando el plano de acceso y reduciendo la altura del patio, que se abre a la luz como lugar interior mediante un lucernario compuesto por costillas de madera en su cara interna y de acero en la externa, a través del que se refleja la luz de forma matizada, de forma que la intensidad de la misma no cree un centro que anule la continuidad visual entre las plantas. El cuerpo de la escalera secundaria, ascensor e instalaciones, en el que los aseos y el área que sirve como archivo histórico se intercalan también en las mesetas intermedias aprovechando la altura entre forjados, llega hasta la cubierta conquistando así un espacio aterrazado en torno al cuerpo central, antes ocupado por faldones de teja curva, desde el que se goza de magníficas vistas sobre la ciudad y el Peñón. Unos aleros en fachada mantienen la referencia a la composición original de la cubierta.

Se han mantenido los elementos verticales de la estructura, sustituyendo los horizontales, y se ha utilizado estuco grueso de cal en color, en el exterior, carpintería de madera de iroko, pavimentos y rodapié de terrazo in situ, techos suspendidos de tableros chapados en madera de iroko, piedra verde para sellar las mochetas interiores de los huecos de fábrica y como revestimiento de los nuevos elementos, escalera principal y caja de ascensor. Las conducciones verticales se han separado de la obra quedando como elementos aislados, forrados en acero. El color en suelo y techo resalta la altura de los muros originales y las mochetas de piedra verde su grosor, quedando entonadas mediante reflejos sus superficies.